Il Cimi è nato il 23 aprile 1972, come organismo annesso alla Conferenza Nazionale dei Vescovi del Brasile (CNBB), con la proposta di ripensare il lavoro della Chiesa Cattolica con i popoli indigeni. 

Lo stile di sviluppo e l'ideologia autoritaria di voga a quel tempo, in piena dittatura militare, non era affatto favorevole a un lavoro pastorale in difesa dei popoli indigeni e critico nei confronti del progetto di integrazione e assimilazione delle culture indigene nella società e nella vita dello stato dittatoriale.

Anche con rispetto all’azione della chiesa il Cimi ha assunto l'impegno di superare, nella relazione con i popoli originari, la mentalità colonialista e ha cercato di rafforzare le loro lotte e la loro autonomia. In mezzo alla repressione e alla censura il Cimi ha assunto il ruolo profetico di denunciare la violenza contro questi popoli.

Contrariamente ai desideri della dittatura, anche grazie alla solidarietà del Cimi, i popoli indigeni non si sono estinti né "integrati" e invece hanno resistito, si sono organizzati e hanno rafforzato le loro lotte.

Una pietra miliare di questo momento fu la pubblicazione nel 1974 del manifesto "Y-Juca Pirama. “L’indio, è lui che deve morire”

Il manifesto esponeva una serie di informazioni e denuncie sugli attacchi dello Stato e dei potenti gruppi economici che desideravano il controllo delle terre indigene e in vari modi decretavano la morte dei popoli originari del Brasile: senza di loro le terre sarebbero rimaste a disposizione di chi voleva appropriarsene per vari tipi di sfruttamento economico.

Nel 1975, nella sua prima assemblea generale, il Cimi definisce le sue linee d'azione, che fungono da riferimento per l'azione missionaria fino ad oggi: terra, cultura, autodeterminazione e una nuova presenza nella società delle popolazioni native.

Questa presenza è segnata dall'iniziativa di rafforzare l'organizzazione autonoma dei popoli nativi e di creare un'articolazione nazionale tra i loro leader. Durante tutti gli anni '70 il Cimi contribuì a organizzare e rendere possibili le prime Assemblee dei capi indigeni dalle quali sarebbe poi nata l’organizzazione indigena oggi articolata e organizzata su tutto il territorio nazionale.

Nel 1973, un anno dopo la fondazione, per rispondere all'enorme complessità di popoli e richieste che arrivavano all'attenzione del Cimi, si era già creato il segretariato nazionale del Cimi e, poco a poco, sarebbero nati i segretariati regionali frutto anche delle riunioni fra pastori e comunità indigene

Anche la lotta contro il progetto di "emancipazione" dei popoli indigeni, proposto dall'allora ministro dell'interno del governo dittatoriale di Ernesto Geisel, Rangel Reis, fu notevole: camuffato sotto la proposta di dare "autonomia" ai popoli indigeni, il progetto prevedeva quella che si chiamava integrazione dei popoli indigeni che si traduceva concretamente nella negazione della loro identità e dei loro diritti.

Il Cimi ebbe un ruolo importante nell'articolazione dei vari settori della società civile che, specialmente negli anni 1978 e 1979, sconfissero il progetto della Dittatura.